Ernst Otto Fischer kam als drittes Kind von Karl Tobias Fischer, Professor der Physik an der Technischen Hochschule München (später TUM), und Valentine Fischer, geborene Danzer zur Welt. 1937 absolvierte er am humanistischen Theresien-Gymnasium München das Abitur. Danach leistete er seine Grundwehrpflicht ab und war im Zweiten Weltkrieg 1939 bis 1944 als Offizier in Polen, Frankreich und Russland eingesetzt. Während eines Studiumurlaubes im Wintersemester 1941/42 begann er, fasziniert von den Vorlesungen Walter Hiebers über anorganische Chemie, statt wie geplant Kunstgeschichte, Chemie an der Technischen Hochschule München (heute Technische Universität München) zu studieren. In Russland während des Krieges verletzt, wurde er nach Kriegsende im Herbst 1945 aus US-amerikanischer Kriegsgefangenschaft entlassen. Nachdem er mit Kommilitonen das im Krieg zerstörte Institut in der Arcisstraße wieder nutzbar gemacht hatte, nahm Fischer sein Studium wieder auf.

1949 erhielt er sein Diplom mit Auszeichnung und wurde wissenschaftlicher Mitarbeiter bei Walter Hieber. 1952 wurde er bei Hieber in anorganischer Chemie mit der Arbeit: Über den Mechanismus der Kohlenoxydreaktion von Nickel(II)- und Kobalt(II)-salzen bei Gegenwart von Dithionit und Sulfoxylat promoviert. Er hatte schon das Angebot eines großen Chemieunternehmens, als er Ende 1952 durch einen Nature-Artikel auf die Entdeckung von Ferrocen aufmerksam wurde und mit der Arbeit darüber seinen Durchbruch als akademischer Wissenschaftler erzielte. Bereits zwei Jahre später, 1954, habilitierte er sich mit einer Schrift über Metallverbindungen des Cyclopentadiens und Indens an der TH München, wo er im Folgejahr zum Diätendozent ernannt wurde. 1956 verbrachte er mehrere Monate in den USA. 1957 wurde Fischer Extraordinarius an der Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU). Nach Ablehnung eines Rufs an die Friedrich-Schiller-Universität Jena auf die Nachfolge von Franz Hein wurde er 1959 persönlicher Ordinarius an der LMU. Im folgenden Jahr lehnte er einen Ruf zum Professor für Anorganische Chemie an die Universität Marburg ab und folgte stattdessen 1964 seinem Lehrer Walter Hieber an der Technischen Hochschule München auf dem Lehrstuhl für Anorganische Chemie nach. Diese Position hatte Fischer bis zu seiner Emeritierung 1985 inne. Als sein Nachfolger wurde Wolfgang A. Herrmann (Universität Frankfurt am Main) berufen, der seit 1995 Präsident der Technischen Universität München ist.

Fischer war Mitbegründer (1964) und über Jahrzehnte Regionalherausgeber des international renommierten Fachjournals „Journal of Organometallic Chemistry“. Er engagierte sich langjährig im Hauptausschuss und Senat der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG), im Deutschen Akademischen Austauschdienst (DAAD) und im Kuratorium des Deutschen Museums. In seinen Vorlesungen legte er nicht nur Wert auf anschauliche Experimente, sondern schlug auch Verbindungen zu Kultur- und Literaturgeschichte, denn er begriff Chemie als kulturelle Leistung.1969 war er Firestone Lecturer an der University of Wisconsin, 1971 Gastprofessor an der University of Florida in Gainesville und erster Lecturer in Anorganischer Chemie der Pacific West Coast Sektion der American Chemical Society. 1973 war er Arthur D. Little Gastprofessor am Massachusetts Institute of Technology und Gastprofessor an der University of Rochester.

Für Fischer war die Chemie sein Leben. Er stellte hohe Anforderungen an seine Schüler: Sie sollten nach seiner Meinung weder rauchen noch heiraten. Er verstand aber auch zu begeistern und hatte enge Verbindungen zu seinen Schülern, die er als seine Familie betrachtete. So hatte Fischer ein Haus in Leutasch, wohin er häufig seine Mitarbeiter zum Skifahren einlud. Bis zu seinem Tod war Fischer der älteste lebende deutsche Nobelpreisträger. Fischer wurde am 26. Juli 2007 auf dem Friedhof Solln im Familiengrab seiner Eltern beigesetzt.

 

Das Sandwich-Molekül (Beitrag auf der 150-Jahre-Seite der TUM)